Nato nella prefettura di Yamagata, in Giappone, Ishiro Honda (本多 猪四郎 Honda Ishirō) si laurea alla Nihon University College of Art (Nichidai) nel 1933. Inizia la sua carrierà alla PCL (diventata poi Toho) nel 1932 come assistente alla regia.

Nel 1938 sposa Kimi, supervisionatrice delle sceneggiature e durante la guerra serve il suo paese nell'esercito. 
Dirige il suo primo film nel 1951, intitolato "La Perla Blu". In seguito comincia a collaborare con il maestro degli effetti speciali Eiji Tsuburaya, realizzando numerosi "Kaiju Eiga", il primo dei quali è "Godzilla" nel 1954. Queste pellicole gli fanno guadagnare riconoscimento anche all'estero.

È stato uno dei migliori amici del regista Akira Kurosawa, con il quale collabora in numerose produzioni. Scompare nel 1993 all'età di 81 anni.