Un immenso stormo di Gyaos invade il Giappone abbattendo inesorabilmente, uno dopo l'altro, gli squadroni aerei mobilitati dalle Forze di autodifesa. Gamera, ferito dopo il combattimento con Iris, si alza in volo dalle rovine di Kyoto e ingaggia una feroce battaglia con i mostri volanti, ben presto affiancati da un gigantesco Gyaos albino apparso sulla scena della contesa. Le malvagie creature hanno infine la meglio concentrando i loro raggi supersonici sulla tartaruga gigante che, colpita a morte, precipita in mare.
Il Governo giapponese, quindi, si rivolge a Nagamine e Osako per dare supporto alla sezione di ricerca militare e, dopo aver individuato l'A-Gyaos, gli oppone dei contingenti forti di carri armati, elicotteri e lanciarazzi, ma senza esito.
Durante lo scontro a fuoco, l'hotel presso cui risiede Osako viene distrutto, lasciando presumere che l'ispettore sia morto tra le macerie. Infine i militari ricorrono a un potente mezzo armato di un raggio di calore, denominato SGPM-2, ma anch'esso fallisce miseramente. Intanto, uno degli antichi scheletri di Gamera assorbe il potere del mana dalla terra e si rigenera in un nuovo Gamera.
Atterrato a Yokohama, Gamera distrugge tutto al suo passaggio. Sopraggiunto anche l'A-Gyaos, le due colossali creature si affrontano in un duello all'ultimo sangue che vede Gamera prevalere vittorioso. Il nuovo Gamera, però, invece di tornare al mare, continua a fare terra bruciata fino a Shinjuku dove, sventata facilmente l'offensiva dell'esercito, esplode autodistruggendosi e radendo al suolo il centro di Tokyo.
Subito dopo scopriamo che Osako è sopravvissuto e si è rifugiato a Okinawa, mentre un notiziario svela che l'esplosione causata da Gamera ha aperto una voragine del diametro di un chilometro e profonda 400 metri, nella quale i militari giapponesi e degli Stati Uniti rinvengono un alto numero di uova preistoriche non classificate...